1. 功能区划管理
根据海域环境功能区划，将养殖区域划分为禁止养殖区、限制养殖区和养殖区，并执行不同等级的水质标准。例如天津近岸海域划定了39个环境功能区，其中优先保护区执行一类海水水质标准，重点管控区执行二类或三类标准。
养殖区需与国土空间规划、海洋环境保护规划等相衔接，科学确定养殖规模、密度和方式。
2. 污染防治措施
养殖废水处理：废水排放需达到国家或地方标准，如福建要求提水式海水养殖尾水中总磷≤0.5mg/L（二类海域）或≤1.0mg/L（三类海域）。
投入品管控：禁止使用违禁饲料、药物及污染性材料（如泡沫制品、塑料瓶等）建造养殖设施。
废弃物管理：不得倾倒生产生活垃圾或弃置废弃养殖设施，需建立养殖生产台账记录用药、投饵等情况。
3. 生态养殖模式
鼓励多营养层级综合养殖、深水网箱养殖、海洋牧场等生态健康模式，推广循环水技术以减少污染。
部分地区实施休养轮养制度，修复海洋生态环境。
4. 监管与责任
需依法取得养殖证和海域使用权证，并遵守区域规划要求。
部门通过网格化监管、联合执法等方式加强巡查，清理禁养区内的非法养殖活动。
因环保要求退出养殖的，应依法给予补偿。
5. 地方性规定
- 各地可能细化标准，如漳州明确养殖设施改造、陆地海水养殖监管等具体要求；大连通过水域滩涂规划优化养殖布局，推动近海养殖退出。
